Szczególnie znaczące dla losów bibliotek publicznych, a zwłaszcza ich kondycji finansowej stały się przemiany związane z rozpoczęciem transformacji społeczno-gospodarczo-politycznej w kraju po 1989 r. Na fali tych przemian z dniem 1 stycznia 1991 r. przestał istnieć Fundusz Rozwoju Kultury, stanowiący dotychczas główne i najważniejsze źródło finansowania także bibliotek publicznych. Decyzja o likwidacji FRK stworzyła nową sytuację, w której znalazła się kultura. Jej strefa została podzielona na trzy poziomy: samorządowy, wojewódzki i narodowy. Na poziomie samorządowym znalazły się wszystkie gminne instytucje i placówki kultury, a wśród nich gminne biblioteki publiczne i ich filie ze wszystkimi tej decyzji konsekwencjami, co wiązało się m.in. z przejęciem ich finansowania przez samorządy gminne. Pozostałe dwa poziomy sfery kultury, podległe rządowi, były finansowane odpowiednio z budżetów wojewodów i ministra kultury i sztuki.
Wojewódzka i Miejska Biblioteka Publiczna w Białej Podlaskiej stała się z mocy nowego prawa wojewódzką instytucją kultury finansowaną z budżetu centralnego za pośrednictwem budżetu wojewody bialskopodlaskiego. W rezultacie przyniosło to zakończenie kilkunastoletniego okresu prowadzenia przez WiMBP scentralizowanego zakupu i opracowania zbiorów dla wszystkich bibliotek publicznych w województwie, a także wywołało problem funkcjonowania w mieście wszystkich dotychczasowych filii WiMBP. W świetle obowiązującego prawa ich prowadzenie powinno stać się zadaniem gminy miejskiej. W tej sytuacji w porozumieniu z wojewodą bialskopodlaskim, dyrektor WiMBP wystąpił do prezydenta miasta z propozycją skomunalizowania filii miejskich, które już od 1 stycznia 1991 r. powinny stać się mieniem komunalnym, a zatem podlegać organizacyjnie Zarządowi Miasta. Zabiegi i procedury związane z komunalizacją filii miejskich trwały do końca 1993 r. Dopiero z dniem 3 stycznia 1994 r. doszło do zawarcia umowy pomiędzy wojewodą bialskopodlaskim a gminą miejską, w wyniku której utworzono wspólną instytucję kultury o nazwie: Wojewódzka i Miejska Biblioteka Publiczna w Białej Podlaskiej. W skład nowej w sensie formalno-prawnym instytucji kultury weszły: wszystkie dotychczasowe struktury Biblioteki sensu stricte wojewódzkiej z Oddziałem Zbiorów Specjalnych, Oddziałami Terenowymi w Parczewie i Radzyniu Podlaskim oraz nieskomunalizowanymi Filiami nr 8 i nr 9, a także o zmienionej nazwie na Biblioteki Komunalne skomunalizowane uprzednio Filie nr 1, 2, 3 i 6. W tych strukturach WiMBP funkcjonowała do 31 grudnia 1998 r.
WiMBP zachowała wszystkie dotychczasowe funkcje, w tym nadzór merytoryczny nad wojewódzką siecią bibliotek publicznych, za wyjątkiem zakupu i opracowania zbiorów w formie scentralizowanej. Zakup i opracowanie prowadzono odtąd tylko dla niektórych bibliotek i ich filii, tj. tych, z organizatorami których zawarto stosowne umowy i ze środków przekazywanych na podstawie tych umów przez urzędy gmin.
Ciągle doskonalono struktury organizacyjne WiMBP dostosowując je do nowych funkcji i zadań. Spośród licznych instytucji kultury i oświaty Biblioteka była najbardziej predestynowana do zajęcia się gromadzeniem, opracowaniem, przechowywaniem i udostępnianiem tzw. regionaliów, a więc także szeroko rozumianej wiedzy i informacji o regionie, tj. Południowym Podlasiu. Inicjatywa powołania w strukturach organizacyjnych WiMBP Działu Wiedzy o Regionie powstała w 1981 r., a pomysłodawcą był Grzegorz Michałowski. Pomysł został zaakceptowany przez wojewodę bialskopodlaskiego, zaś nowy Dział w 1982 r. został połączony z Działem Informacyjno-Bibliograficznym funkcjonując do dzisiaj jako Dział Informacji, Bibliografii i Wiedzy o Regionie. Na bazie Działu gromadzone jest wszelkie piśmiennictwo i materiały o regionie: druki zwarte, czasopisma, gazety, wycinki prasowe, dokumenty życia społecznego, fotografie, materiały niepublikowane, wspomnienia, pocztówki, druki ulotne itp. Pokaźny zbiór regionaliów przyciąga rzesze uczniów, studentów, pracowników naukowych, regionalistów - amatorów i wszystkich tych, którzy są zainteresowani swoją "małą ojczyzną".
W latach osiemdziesiątych WiMBP zainicjowała własną działalność wydawniczą edycją "Portretu literackiego Ryszarda Kornackiego" (Biała Podlaska 1988) popularyzującego znanego poetę i regionalistę zamieszkałego i tworzącego w Międzyrzecu Podlaskim. Zebranie informacji bibliograficznych o piśmiennictwie związanym z województwem bialskopodlaskim zaowocowało wydaniem kilku tomów "Bibliografii województwa bialskopodlaskiego" w formie dwuroczników.
Stale rosnące zainteresowanie regionem, przejawiające się m.in. powstawaniem licznych opracowań, artykułów, rozpraw stało się bezpośrednią przyczyną powołania przy WiMBP w 1993 r. redakcji "Rocznika Bialskopodlaskiego", pisma regionalnego o charakterze naukowym. Złożone z samodzielnych pracowników naukowych z ośrodków akademickich w Białej Podlaskiej, Lublinie, Warszawie i Siedlcach Kolegium Redakcyjne, któremu od początku społecznie przewodniczy prof. dr hab. Henryk Mierzwiński, mimo trudności finansowych i poligraficznych wydaje systematycznie kolejne tomy pisma. Aktualnie ukazał się XI tom "Rocznika Bialskopodlaskiego".
Od 2001 r. Biblioteka jest współwydawcą popularnonaukowego periodyku pt. "Podlaski Kwartalnik Kulturalny", którego redaktorem naczelnym jest Grzegorz Michałowski, kierownik Działu Informacji, Bibliografii i Wiedzy o Regionie.
Aby umożliwić autorom szerszych opracowań o tematyce regionalnej ich publikację, pod opieką redakcji "Rocznika Bialskopodlaskiego" wydawane są książki w ramach serii nazwanej "z serii "Rocznika Bialskopodlaskiego". W tej serii ukazało się już kilka tytułów, m.in. "Szkoły bialskie w XVII-XX wieku. Monografia I Liceum Ogólnokształcącego im. J. I. Kraszewskiego" J. Flisińskiego (1998), "Radzyński Obwód ZWZ-AK 1939-1944" S. Jarmuła (2000), "Dzieje parafii Sobienie Jeziory" J.M. Cygana (2002). Biblioteka jako organizator lub współorganizator wielu sesji naukowych i popularnonaukowych była wydawcą szeregu opracowań i materiałów posesyjnych, m.in. poświęconych powstaniu listopadowemu na Podlasiu, dziejom Białej Podlaskiej i okolic czy wydarzeniom związanych z agresją ZSRR 17 września 1939 r. Działalność wydawnicza Biblioteki, ciesząca się coraz większym zainteresowaniem, będzie kontynuowana jako jedno z ważniejszych zadań w zakresie pogłębiania wiedzy o mieście i regionie. W najbliższych planach Biblioteki znalazło się opracowanie i wydanie obszernej naukowej monografii Białej Podlaskiej i okolic, której druk przewidziano na rok 2006.
Wśród wielu inicjatyw w zakresie szeroko rozumianego regionalizmu nawiązano od 1989 r. ścisłą współpracę z Obwodową Biblioteką w Brześciu. Współpraca ta i wymiana doświadczeń realizowana jest na bieżąco już od 15 lat z korzyścią dla obu stron, w tym zwłaszcza dla użytkowników obu zaprzyjaźnionych Bibliotek.
Ogromną szansą dla bibliotek i bibliotekarstwa stała się możliwość zastosowania w jej pracy komputerów. WiMBP pierwszy komputer pozyskała wprawdzie w 1986 r., ale wobec braku właściwych programów i "raczkujących" dopiero umiejętności posługiwania się nim nie zdołano wykorzystać go w pracach warsztatowo-bibliotecznych. Dopiero w drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych ruszyły w pełni prace nad komputeryzacją Biblioteki przy ścisłej współpracy z Biblioteką Narodową, od której pozyskano program MAK. W chwili obecnej stan komputeryzacji i automatyzacji prac bibliotecznych osiągnął poziom znacznego zaawansowania, co zdecydowanie wpływa na jakość i poziom usług bibliotecznych.
Kolejne zmiany w strukturach organizacyjnych i podległości WiMBP zaszły od 1 stycznia 1999 r. Z końcem 1998 r. w wyniku reformy podziału administracyjnego kraju, powołania powiatów oraz zmniejszenia liczby województw, Biblioteka straciła status wojewódzkiej instytucji kultury. Pierwsze miesiące roku 1999 były bardzo gorące - ważyły się losy Biblioteki, bowiem nikt jeszcze nie umiał zdecydować kto ma być jej organem założycielskim, a tym samym jakie będą źródła jej finansowania. Dopiero w drugim kwartale 1999 r. podjęto ostateczne decyzje. Jej organizatorem stał się Zarząd Miasta Biała Podlaska, a uchwałą Rady Miasta z dnia 27 maja 1999 r. Bibliotece nadano nazwę: Miejska Biblioteka Publiczna. Jednocześnie Biblioteki Komunalne nr 1, 2, 3 i 6 stały się ponownie filiami Miejskiej Biblioteki Publicznej zachowując dotychczasową numerację. Na podstawie porozumienia zawartego pomiędzy Zarządem Miasta Biała Podlaska a Zarządem Powiatu Bialskiego (ziemskiego) Miejskiej Bibliotece Publicznej powierzono także zadania biblioteki powiatowej dla bialskiego powiatu ziemskiego.